상기의 목적을 이루기 위한 본 발명의 항만물류정보시스템의 정보보안 취약점 진단시스템은 서버를 두고 내부망(10)과 외부망(20)이 분리된 통신환경에서 항만컨테이너터미널에서 사용되는 물리적 운영장비와 컨테이너터미널 운영시스템과 연계된 항만물류정보시스템의 취약점 진단시스템으로서, 내부망(10) 또는 항만물류정보시스템 운영네트워크로 구성되어 진단시스템을 운영하는 내부장치부(100); 상기 서버의 내부망(10)에 설치되어 미리 설정된 계획에 따라 주기적으로 상기 항만물류정보시스템의 DBMS 및 상기 항만물류정보시스템의 취약점을 진단하는 에이전트부(300); 상기 내부망(10)과 상기 외부망(20)을 암호화된 단독 통신을 지원하여 연결하는 통신부(400); 및 상기 에이전트부(300)에서 진단한 진단 결과를 분석하는 결과분석부(500)를 포함하고, 상기 내부장치부(100)는 상기 에이전트부(300)에서 진단한 진단 결과를 취합하는 취합부(110); 및 진단 증적 보존을 위해 상기 외부망(20)을 통해 접근하는 비인가 접속 시도를 차단하는 망분리 장치(120)를 포함하여, 내부망 내에서 진단결과를 취합하고 분석할 수 있도록 하는 것을 특징으로 한다.