본 발명은 이산화탄소를 해수에 용해시켜 해수의 pH를 낮추고 이산화탄소 미세기포로 변환한 후, 이렇게 해수의 pH가 낮아지면 전기 분해시 발생되는 총 산화물질 중 산화력이 우수한 HOCl의 존재 비율이 증가되므로, 동일 TRO 농도 조건에서 기존의 전해수 처리방식의 선박평형수 처리장치에 비해 살균 효율을 증가시킬 수 있으며, 유입되는 해수 중 일부만 미세기포 처리 및 전기분해 처리를 진행함으로써 전기분해 처리수단의 설치면적 대비 전기분해효율을 극대화할 수 있는 담수, 해수 살균처리가 가능한 비전수통과방식 전기분해 선박평형수 처리방법 및 장치를 제공한다.