선박용 배기가스 처리시스템 및 그 운전방법이 개시된다. 본 발명의 선박용 배기가스 처리시스템 및 그 운전방법은, 소형선박의 기관에서 배출되는 가스의 유입로; 상기 유입로 말단의 분기에서 연장되되, 어느 하나가 다른 하나보다 유로의 길이가 짧은 제1,2 유로; 상기 제1 유로 상에 배치된 복수의 배기정화장치; 상기 제1,2 유로 중 적어도 하나를 통과한 상기 가스가 통과하여 배출되도록 상기 1,2 유로의 말단에서 합류되어 연장된 유출로; 및 상기 가스가 상기 제1,2 유로 중 적어도 어느 하나로 흐르도록 적어도 제어하는 제어부를 포함하되, 상기 제1 유로는, 상기 제2 유로보다 상기 유로의 길이가 길며, 상기 제2 유로에서 상기 가스가 흐르는 방향과 다른 방향으로 상기 가스가 흐르도록 하는 복수의 우회경로를 포함하고, 상기 제2 유로는, 상기 제1 유로보다 상기 유로의 길이가 짧으며, 상기 유입로 및 상기 유출로에서 상기 가스가 흐르는 방향과 나란한 방향으로 상기 가스가 흐르도록 하는 직선경로를 가지며, 상기 제1유로와 상기 제2유로는, 상기 제1,2 유로를 구성하는 벽면 중 적어도 일부를 공유하는 것을 특징으로 한다. 본 발명에 의하면, 강화되는 해양환경 오염규제에 따라 배출되는 가스의 배기정화장치의 설치가 의무화되고 있으나 정작 설치에 필요한 공간이 부족한 소형선박에서 효과적으로 유로를 구성하여 공간효율성을 극대화할 수 있다.