본 발명은 정밀여과기와 전기탈이온장치를 이용하여 복수 중의 이온성분을 제거함으로써 기존 복수탈염설비에서 이온교환수지를 재생함으로 발생되는 교차오염 및 폐액발생을 막을 수 있는 복수탈염시스템 및 처리방법에 관한 것이다. 본 발명의 주요구성은 본 발명은 복수를 제공받아 유입된 복수 중에 함유되어 있는 비용존성 입상 이물질을 여과하여 제거하는 정밀여과기(10)와; 내부에 농축수가 저장되는 농축수저장탱크(30)와; 상기 정밀여과기(10)로부터 복수를 제공받는 희석실과, 상기 농축수저장탱크로부터 농축수를 제공받는 농축실과, 상기 희석실 및 농축실의 복수 또는 농축수가 전기적으로 탈이온시킬 수 있도록 전기를 공급하는 정류기를 구비하며 제공받은 복수 및 농축수 중의 이온성분을 제거하여 배출하고 농축수는 다시 농축수저장탱크로 배출하는 전기탈이온장치(20)와; 상기 전기탈이온장치(20)로 공급되는 농축수를 승압시키는 농축수승압펌프(40)와; 상기 농축수승압펌프(40)에서 전기탈이온장치(20)로 공급되는 농축수와 전기탈이온장치(20)에서 배출되는 농축수를 제공받아 전기탈이온장치(20)로 공급되는 농축수를 더욱 승압시키는 에너지회수장치(50)와; 전기탈이온장치(20)는 복수 또는 농축수를 수용하여 전기적으로 탈이온시킬 수 있도록 전기탈이온장치(20)에 전기를 공급하는 정류기(21)와; 상기 농축수저장탱크(30)의 농축수 수온을 조절하기 위해 열교환기(60)를 포함하는 것을 특징으로 한다.