전자 토모그래피에서 이미지 정렬 정확도 향상 방법을 개시한다. 상기 이미지 정렬 정확도 향상 방법은 EM 투사 이미지 획득단계, 획득된 이미지를 정렬하는 이미지 정렬 단계, 정렬된 이미지를 3차원 토모그램(영상결과)으로 재구성하는 재구성 단계 및 시각화 단계를 순차적으로 수행하여 이루어지는 전자 토모그래피에서, 상기 이미지 정렬 단계 시에, 위치 기준 표시자를 이용한 방법으로, 아래의 식 1을 통해 상기 이미지 정렬 단계를 수행하는 것을 특징으로 한다. [식 1] 여기서, 는 번째 표시자의 위치를 나타내며, 는 기울임 각, 는 기울임 축이 x-y 평면과 이루는 편위 (declination)이며, 는 z 방향의 투영행렬을 나타내고, 는 투영 평면상의 회전각, 는 번째 이미지의 축척을 나타내며, 는 번째 이미지에서 번째 표시자의 2차원 위치를 나타내고, 는 번째 이미지의 이차원 평행이동량을 나타낸다.