본 발명은 연료유 버너 유량 신호 안정화 회로부를 구비함으로써, 유량계의 불안정한 연료유 유량 신호로 인해 발생할 수 있는 보일러 연소 불안정 및 과잉 연료 공급에 의한 노내 폭발의 위험성을 줄일 수 있는 보일러 연료유 제어 시스템에 관한 것이다. 이를 위해, 본 발명에 따른 보일러 연료유 제어 시스템은 연료유가 유량계, 비상차단밸브, 유량제어밸브, 연료유 압력계, 복수의 버너차단밸브를 차례대로 통과해 복수의 버너로 공급되어 기동되는 보일러와 연결되며, 상기 유량계의 연료유 유량 신호를 이용해, 상기 보일러의 연료량을 제어하기 위한 연료량 주 제어 신호를 산출하는 연료량 메인 제어 회로부; 상기 유량계의 연료유 유량 신호를 이용해, 상기 버너로 공급되는 연료유의 유량을 제어하기 위한 유량 제어 밸브 신호를 산출하는 연료유 유량 제어 회로부; 및 상기 압력계로부터 측정된 연료유 압력값으로부터 하나의 버너에 공급되는 단위 연료유 유량값으로 변환하여 산출하고, 상기 단위 연료유 유량값과 오픈된 버너차단밸브의 개수를 곱해 구해진 총 연료유 유량값에 대한 총 연료유 유량 신호를 구하는 연료유 버너 유량 신호 안정화 회로부를 포함하며, 상기 연료유 유량 신호는 상기 총 연료유 유량 신호로 절환되어, 상기 유량 제어 밸브 신호를 산출하고 상기 유량 제어 밸브 신호를 산출하는데 사용되는 것을 특징으로 한다.