본 발명은 연료전지를 이용한 복합 발전 시스템에 관한 것으로, 연료가스를 공급받아 전기 화학 반응을 일으킴으로서 고온의 배기가스를 발생시키는 연료전지스택, 및 이 연료전지스택에서 발생되는 배기가스의 열기를 복합 발전 계통으로 재활용하는 폐열재활용유닛을 포함하는 것을 특징으로 한다. 본 발명은 종래 기술과 달리 고온형 연료전지인 용융탄산염 연료전지(MCFC: Molten Carbonate Fuel Cell)의 성능을 개선하여 복합화력발전 시스템과 연계함으로서 연료전지로부터 발생되는 폐열의 자원 재활용을 실현할 수 있다.