본 발명은 자동 절연저항측정 시스템 및 그 방법에 관한 것이다. 본 발명은, 피측정장치의 절연저항을 측정하는 자동 절연저항측정 시스템에 있어서, 상기 피측정장치의 절연저항을 측정하는 저항측정부; 상기 피측정장치의 피측정단자와 상기 저항측정부 사이에 연결되는 전자개폐기; 상기 피측정단자에 고압이 통전하는지 여부를 감지하는 고압통전감지모듈; 상기 피측정장치의 기동전원을 차단하는 차단기와 상기 전자개폐기가 동시에 온(On)이 되지 않도록 하는 인터록회로; 및 절연저항측정명령을 수신한 경우, 절연저항 측정가능상태일 때 상기 인터록회로로 개폐기온(On) 신호를 전송하여 상기 전자개폐기를 접속(Close)하고 상기 저항측정부로부터 절연저항 측정치를 읽어들인 후 상기 인터록회로로 개폐기오프(Off) 신호를 전송하여 상기 전자개폐기를 접속해제(Open)하는 제어부를 포함하는 것을 특징으로 하는 자동 절연저항측정 시스템 및 그 방법을 제공한다. 본 발명에 의하면, 발전소 및 각종 플랜트에서 고압예비 전동기를 교체 가동하기 전에 실시하는 절연저항 측정작업을 자동화함으로써 인적실수에 의한 인명사고를 미연에 방지하고 플랜트의 불시정지 등의 사고를 미연에 방지하는 효과가 있다.