본 발명은 자왜변위를 이용한 지하수 및 지표수의 수위 측정 센서 및 이를 이용한 지하수 및 지표수의 멀티 측정 시스템에 관한 것이다. 본 발명의 수위 측정 센서는 내부에 중공을 갖고 길이방향으로 연장되는 외부케이스; 상기 외부케이스의 중공 내부에서 내벽과 이격되어 상기 길이방향으로 연장되어 형성되는 자왜선; 상기 자왜선을 따라 가이드되어 상기 길이방향으로 유동 가능하게 설치되며, 수면의 수위에 대응하여 위치가 가변되는 부유 영구자석; 및 상기 자왜선에 전류펄스를 인가하고, 상기 전류펄스에 의해 상기 자왜선의 원주방향으로 형성되는 제1 자기장과 상기 영구자석에 의해 상기 자왜선의 축방향으로 형성되는 제2 자기장이 교차하면서 발생하는 탄성파를 수신하는 송수신부를 포함한다.