본 발명은 초미세분쇄 기질의 액상 발효에 적합한 홍국균주 및 홍국 액상발효 공정에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 초미세분쇄화 기술을 활용해 미립화된 기질의 액상 발효에 적합한 모나스커스(Monascus sp.)RY1 균주 및 이를 이용한 홍국 액상발효 공정에 관한 것이다. 본 발명에 의한 액상발효 공정은 홍국 발효가 용이하고 발효시간 단축 및 오염을 방지할 수 있어, 알콜발효, 초산발효, 젖산발효 및 청국장발효 등에 다양하게 활용하여 홍국을 이용한 웰빙식품 개발에 적용이 가능하다.