본 발명은 유해물질의 이온 이동도 측정 장치 및 그의 레퍼런스 데이터 획득방법을 개시한다. 그의 방법은, 전극 사이의 이온의 전하를 검출하여 측정 신호를 획득하는 단계와, 상기 전극을 이온으로부터 절연시켜 노이즈 신호를 획득하는 단계와, 상기 노이즈 신호를 상기 측정 신호에 정렬하는 단계와, 상기 노이즈 신호와 정렬되는 상기 측정 신호의 일부 신호를 제거하는 단계와, 상기 측정 신호의 나머지 신호로부터 레퍼런스 데이터를 계산하는 단계를 포함한다.