레이저 가공된 포토마스크를 이용한 미세유체칩 제조방법을 개시한다. 본 발명은 멤브레인에 레이저빔을 조사하여 절단 가공되어 미세유체칩의 구조와 일치되는 형상으로 포토마스크를 제조하는 a)단계와, 포토마스크를 이용하여 미세유체칩의 구조가 양각된 미세유체칩 몰드를 제작하는 b)단계와, 미세유체칩 몰드에 경화형 수지를 도포 및 경화시켜 미세유체칩 몰드의 양각된 구조물이 음각화된 레플리카를 제조하고, 레플리카를 칩기판에 실장하여 미세유체칩을 제조하는 c)단계;를 포함하는 레이저 가공된 포토마스크를 이용한 미세유체칩 제조방법을 제공할 수 있다. 그러므로, 본 발명은 다양한 형상을 갖는 미세유체칩을 저렴한 비용으로 제조할 수 있어 상용화 및 대량생산이 가능한 효과가 있다.